세무노트 · 중소기업 특별세액감면

중소기업 특별세액감면, 통합투자세액공제와 같은 해에 함께 받을 수 있나요?

작성 2026-10-22 · 수정 2026-10-22 · 2026년 10월 22일 현재 시행 법령 기준 · 글 이수정 세무사

「해마다 중소기업 특별세액감면을 받아 왔는데 올해 공장에 기계를 3억원어치 들였습니다. 감면도 받고 투자세액공제도 받으면 되나요?」

설비 투자를 한 제조업 중소기업이 결산을 앞두고 자주 묻는 질문입니다. 아래 네 가지 순서로 답합니다.

1. 01같은 해에 감면과 공제를 함께 받을 수 없나요?
2. 02제조업은 감면을 얼마나 받나요?
3. 03통합투자세액공제를 고르면 무엇이 따라오나요?
4. 04어느 쪽이 유리한지 어떻게 계산하나요?

01같은 해에 감면과 공제를 함께 받을 수 없나요?

함께 받을 수 없습니다. 같은 과세연도에 제7조의 감면과 제24조의 공제를 동시에 적용받을 수 있는 경우에는 그중 하나만 선택합니다.

판단 단위는 과세연도입니다. 국세청은 제127조의 중복 배제가 같은 과세연도 안에서만 적용되고 과세연도를 달리하면 배제되지 않는다고 회신했습니다(서면-2017-법인-0363, 2018. 1. 31.). 투자한 해에는 공제를, 투자가 없는 해에는 감면을 받는 식으로 해마다 따로 고릅니다.

같은 항의 공제 목록에 통합고용세액공제(제29조의8)⁠는 들어 있지 않습니다. 그래서 직원을 늘려 받는 통합고용세액공제는 제7조 감면과 함께 적용됩니다. 단서는 창업중소기업 세액감면(제6조)⁠을 받는 해만 막습니다. 감면 사업과 그 밖의 사업을 구분경리하고 그 밖의 사업에 공제를 적용하는 경우는 중복으로 보지 않습니다(제127조제10항).

02제조업은 감면을 얼마나 받나요?

소기업은 수도권 20%, 수도권 밖 30%⁠이고 중기업은 수도권 밖 15%⁠입니다. 수도권에 있는 중기업은 제조업 감면이 없습니다. 감면 한도는 1억원입니다.

본점이나 주사무소가 수도권에 있는 법인은 공장이 수도권 밖이어도 모든 사업장을 수도권으로 보고 비율을 적용합니다(제7조제1항 단서).

소기업은 중소기업 가운데 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 별표 3을 준용한 기준 이내인 기업입니다(조세특례제한법 시행령 제6조제4항). 감면을 받으려면 과세표준신고와 함께 세액감면신청서를 냅니다(시행령 제6조제8항).

03통합투자세액공제를 고르면 무엇이 따라오나요?

중소기업은 일반 사업용 자산 투자액의 10%⁠를 기본공제로 받고, 그해 투자액이 직전 3년 연평균 투자액을 넘으면 넘는 금액의 10%⁠를 추가로 받습니다. 그 대신 공제액의 20%⁠를 농어촌특별세로 내고, 최저한세에 걸린 부분은 이월됩니다.

직전 3년간 연평균 투자금액이 없으면 추가공제도 없습니다(시행령 제21조제9항). 2023년부터 2025년까지 있던 임시 투자 세액공제(제24조제1항제3호)⁠는 2025년 12월 31일이 속하는 과세연도까지만 적용되어 2026 과세연도 투자에는 쓰지 않습니다.

농어촌특별세법의 「감면」에는 세액공제가 들어갑니다(제2조제1항제1호). 통합투자세액공제는 같은 법 시행령 제4조제7항의 비과세 목록에도 없어 공제받은 세액의 20%⁠가 농어촌특별세로 과세됩니다. 중소기업 특별세액감면은 제4조제3호로 비과세입니다.

두 제도 모두 최저한세 대상입니다(조세특례제한법 제132조제1항제3호⁠·제4호). 중소기업 법인은 감면이나 공제를 적용한 뒤의 세액이 과세표준의 7%⁠에 못 미치면 그 미달분만큼은 감면⁠·공제하지 않습니다.

제7조 감면은 이 조의 목록에 없어 최저한세로 못 받은 부분이 이월되지 않습니다. 이월 사유도 「납부할 세액이 없는 경우」와 「최저한세에 미달한 경우」 두 가지뿐이어서, 중복 배제로 고르지 않은 쪽의 공제는 다음 과세연도로 넘어가지 않는 것으로 읽힙니다. 이 점을 통합투자세액공제에 대해 직접 다룬 최근 회신은 찾지 못했습니다.

04어느 쪽이 유리한지 어떻게 계산하나요?

그해 산출세액에 감면율을 곱한 금액과, 투자액에 공제율을 곱한 뒤 농어촌특별세를 뺀 금액을 나란히 놓습니다. 최저한세에 걸리는 부분과 이월분은 따로 셉니다.

가상 계산 전제 : 제조업 중소기업 법인 · 2026 사업연도 과세표준 5억원(전부 감면 대상 소득) · 산출세액 8,000만원(법인세법 제55조제1항) · 최저한세 3,500만원 · 직전 3년 투자 없음 · 상시근로자 감소 없음 · 법인지방소득세 제외.

추가공제가 없고 최저한세에 걸리지 않으면 공제에서 실제로 남는 몫은 투자액의 8%⁠입니다. 위 전제에서 수도권 소기업은 투자액 2억원, 수도권 밖 소기업은 3억원에서 두 쪽이 같아지고 그보다 투자가 크면 공제가 큽니다.

투자가 커지면 최저한세가 개입합니다. 같은 회사가 6억원을 투자하면 공제 6,000만원 가운데 그해에는 4,500만원(산출세액 8,000만원 − 최저한세 3,500만원)⁠만 공제되고 1,500만원은 이월되며, 농어촌특별세는 그해 공제분 기준 900만원입니다.

이월된 공제를 다음 과세연도의 감면과 함께 받을 수 있는지도 계산에 들어갑니다. 국세청은 종전 임시투자세액공제에 관해 중복 여부를 공제가 발생한 사업연도 기준으로 보아, 최저한세로 이월된 공제와 그해의 제7조 감면은 중복 적용할 수 있다고 회신했습니다(법인세과-1085, 2009. 9. 30.). 통합투자세액공제로 바뀐 뒤 같은 쟁점을 직접 다룬 회신은 2026년 10월 22일 국세법령정보시스템 검색에서 찾지 못해 적용 전에 확인이 필요합니다.

고르기 전에 확인할 것

1. 1회사가 소기업인가 중기업인가(업종별 매출액 기준)
2. 2법인 본점이나 주사무소가 수도권에 있는가(공장 위치가 아니라 본점 기준)
3. 3기계 대금을 어느 과세연도에 얼마나 지출하는가(투자금액은 과세연도마다 따로 계산)
4. 4직전 3년 연평균 투자금액이 있는가(추가공제 여부)
5. 5상시근로자 수가 직전 과세연도보다 줄었는가(감면 한도가 1명당 500만원씩 줄어든다)
6. 6최저한세와 다음 해 계획 : 공제가 최저한세에 걸리는지, 다음 과세연도에도 투자가 있는지에 따라 이월분을 쓰는 해가 바뀝니다